Aquapep 2 permet de gérer les poissons et/ou les plantes de un ou de plusieurs bacs, d'exporter les données en fichier xls, word, txt ou XML, d'importer les données contenues dans un fichier excel, de suivre les tests et les opérations de maintenance. Il est possible de choisir quels champs sont contenus dans les fiches, plantes et poissons, ainsi que d'entrer le libellé de chacun des champs des fiches (neuf champs texte de 250 caractères, neuf champs numérique (99,99) ainsi qu'un champ date dont le libellé est également modifiable. Une liaison avec aquapocket, logiciel fonctionnant sous Pocket PC, est disponible, pour le transfert des données de l'un vers l'autre et vice-et-versa.) La version pour windows comporte une base de données de poissons et de plantes, vide dans sa version téléchargeable. Toutefois, vous pouvez télécharger gratuitement une base de plus de 1500 poissons et une base de plus de 500 plantes.